राजीनामाको मुख्य कारणमा महासंघको निर्वाचन दुई पटक तोकिए पनि हुन नसकेको र यससँग सम्बन्धित विभिन्न समस्याहरू रहेका छन्। पोखरेलले आफ्नो राजीनामा पत्रमा पुनः निर्वाचन कार्यतालिका ल्याउन नसक्नु, सदस्यता विवादका लागि बसेको बैठकबाट केही पदाधिकारी बाहिरिनु, र केही पदाधिकारीले उपस्थितिमा हस्ताक्षर नगर्नु जस्ता कारणहरू उल्लेख गरेका छन्।
पोखरेलले राजीनामा पत्रमा लेखेका छन्, “सिंगो बैठकले सदस्यताको सूचिप्रति अपनत्व जनाउन आनाकानी गर्नुले अब हुने निर्वाचनप्रति पनि सर्वस्वीकार्यता हुने महसुस गरेन।” उनले यस्तो अवस्थामा निर्वाचन सम्पन्न गर्न आफू समर्थ नभएको बताएका छन्। साथै, पोखरेलले आफ्नो कमजोरीलाई स्वीकार गर्दै सबै कुराको नैतिक जिम्मेवारी बहन गर्ने बताएका छन्। उनले आफ्नो मानसिक तनाव र शारीरिक स्वास्थ्य अवस्था पनि सहज रूपमा काम गर्न सक्ने अवस्थामा नरहेको उल्लेख गरेका छन्।